Głównym celem Małopolskiego Regionalnego Programu Operacyjnego jest tworzenie warunków dla wzrostu gospodarczego i zatrudnienia. Cel ten będzie osiągany w szczególności poprzez inwestycje infrastrukturalne wzmacniające konkurencyjność, wspieranie innowacyjności i społeczeństwa informacyjnego oraz poprawę stanu środowiska naturalnego i kulturowego. Na realizację MRPO łącznie z EFRR przyznano kwotę 1 290 274 402euro. 

Priorytety MRPO:

1. Warunki dla rozwoju społeczeństwa opartego na wiedzy
2. Gospodarka regionalnej szansy
3. Turystyka i przemysł kulturowy
4. Infrastruktura dla rozwoju gospodarczego
5. Krakowski Obszar Metropolitalny
6. Spójność wewnątrzregionalna
7. Infrastruktura ochrony środowiska
8. Współpraca międzyregionalna
9. Pomoc Techniczna